Nathan Rutjes is geboren op 1 december 1983 te Rotterdam. Hij begon met voetballen bij de Rotterdamse amateurclub CVV Charlois. Vanaf zijn achtste jaar verhuisde Rutjes naar Rotterdam oost waar hij voor de eerste elftallen van Alexandria ’66 uitkwam. Uiteindelijk maakte hij als zestienjarige zijn debuut bij de hoofdmacht van Alexandria in de vierde klasse. Aan de hand van Rutjes promoveerde Alexandria '66 van de vierde naar de tweede klasse.
Zijn verschijning bleef bij betaald voetbalclubs niet onopgemerkt, op zijn negentiende koos hij voor Sparta Rotterdam waar hij vanaf het seizoen 2005 onder contract staat. Ook bij Jong Sparta was Rutjes, onder trainer/coach en voormalig international Adri van Tiggelen, een bepalende speler. Al snel sloot de centrale verdediger, die tevens op het middenveld uit de voeten kan, aan bij het eerste elftal van Sparta Rotterdam. Op 18 januari 2006, in de thuiswedstrijd tegen N.E.C., maakte hij zijn debuut voor Sparta Rotterdam waar hij tot juni 2013 onder contract staat.
Nathan Rutjes is tevens ambassadeur van Voetbalacademie Rotterdam.